Corre el año  1986 , Santi Macaya con sus inquietudes deportivas y su amor al fútbol, y junto con padres y alumnos del Colegio Luis Amigó, conforma el primer equipo federado en la categoría Benjamin del C. D. Amigó, siendo él mismo su primer entrenador.
En  1988 , Miguel Sola, entonces jugador del C.A. Osasuna, desembarca en el Club para desarrollar un exigente proyecto deportivo a largo plazo.

Ya en los  años 90 , con Miguel Sola como motor y alma del club, se inscribe en la Federación Navarra el primer equipo de Fútbol 11 en la categoria Infantil Unica. Es en esta misma temporada 90-91 cuando se organiza el primer Torneo Amigó, que se ha convertido en un punto de referencia cada mes de Junio.

En  1992  comienzan a llegar los primeros éxitos quedando campeones en el Torneo Internacional Mechelen celebrado en Malinas (Bélgica). En este mismo año fallece Santi Macaya.

El  año 93  está repleto de acontecimientos significativos. Se edita la primera revista del Club, que hoy en dia sigue viva. El Torneo pasa a denominarse "Memorial Santi Macaya". Se legalizan los estatutos del Club Deportivo, abierto también a jugadores no pertenecientes al Colegio. Los éxitos deportivos se hacen presentes con el campeonato en el Torneo Internacional Alain Giresse en Burdeos (Francia), y con el doblete en Liga y Copa del equipo de Segunda Cadete.

A  mediados de los años 90  se inaugura el Polideportivo Lagun Etxea anexo al Colegio. Los equipos de futbito dejan de jugar al aire libre. La armonía existente entre Colegio, Directiva y Padres de jugadores posibilita la acometida en auzolan de las mejoras en los dos campos de fútbol y en los antiguos vestuarios. A los campos se les dota de vallas, banquillos, torres de iluminación y riego automático. Se hacen famosos los almuerzos que se preparan en el Colegio. En el aspecto deportivo fue una época muy buena, con el equipo de Primera Cadete jugando la final de Liga, y un Juvenil que consigue tres ascensos consecutivos hasta División de Honor.

Y llegamos a  finales de los 90  con un C.D. Amigó ya consolidado, y con equipos en todas las categorías. Incluso en Fútbol Sala Senior, y también en categoría Regional para dar salida a los jugadores que terminan su etapa juvenil. Amigó ha conseguido mantenerse tres temporadas en la División de Honor Juvenil.

La siguiente apuesta va encaminada a la mejora de calidad en las infraestructuras. Con ayudas del Gobierno de Navarra, se construye un nuevo edificio dotándolo de bar, salón, baños, sala de calderas, placas solares y ocho amplios vestuarios. El  5 de Junio de 2002 , día mundial del medio ambiente, la Alcaldesa de Pamplona declara ganador del premio de energía de la Ciudad de Pamplona al Club Deportivo Amigó por su contribución al sostenimiento del medio ambiente, siendo pioneros en la instalación fotovoltáica térmica para producir agua caliente para las duchas con energía limpia.

Y ya en  2003 , con el apoyo del Colegio, y las ayudas de la Federación Española de Fútbol, Gobierno de Navarra y Ayuntamiento de Pamplona, se construye el Campo de hierba artificial, y se remata el edificio de vestuarios completándolo con nuevas oficinas y otras dependencias. Los éxitos deportivos siguen llegando. De nuevo el equipo Juvenil vuelve una temporada más a la División de Honor. El equipo Regional asciende a Preferente.

El historial como Club Deportivo es corto, pero intenso. Se ha llegado a cotas deportivas impensables hace años, compitiendo con equipos como C.A. Osasuna, Real Sociedad, Athletic de Bilbao, Real Zaragoza. Hemos aportado decenas de jugadores a las distintas selecciones navarras y a las selecciones nacionales Sub-15, Sub-17 y Sub-18. La Tercera División y la Segunda B y A, también cuentan con jugadores formados en Amigó.

En el plano humano y deportivo, este Club ha contado y cuenta con multitud de colaboradores que han contribuido a formar y educar a todos nuestros jugadores. Todos ellos impregnados del estilo "Amigó". Nuestro agradecimiento y reconocimiento a TODOS ELLOS en nombre del colectivo Amigoniano.

En  2006 , la apuesta es reorganizar el club con una Directiva renovada y amplia, que dé respuesta a todas las necesidades de nuestros jugadores. Comenzamos un nuevo proyecto deportivo.